Rond het jaar 1225 werd Nuenen een zelfstandige parochie.
Op Sint-Barbaradag, 4 december 1300, schreef Hertog Jan II van Brabant een brief waarin hij de gemene gronden aan de inwoners van Nuenen en Gerwen in bruikleen gaf. Deze brief is bewaard gebleven. Het betrof woeste gronden voor gemeenschappelijk gebruik. De huidige gemeentelijke bossen zijn hieruit voortgekomen. Op deze dag werden ook gemene gronden uitgegeven aan andere gemeenten. De hertog deed dit vooral om inkomsten te verwerven.
Bij het gemeentehuis te Nuenen staat een beeld van hertog Jan II. Op 23 april 2001 is dit beeld onthuld.
Van 1300 tot 1648
De uitgifte van gemeenterechten was de eerste aanzet tot geregeld bestuur. Tussen 1300 en 1346 is de eerste schepenbank opgericht. Nuenen was in de 14e en 15e eeuw een hertogsdorp wat betekende dat de hertog er rechtstreekse invloed had. De eerste helft van de 15e eeuw was een rustige tijd zonder oorlog waarin de welvaart toenam. Er werd, mogelijk in 1467, met de bouw van een kerk in Kempense gotiek begonnen, op de plaats van een voorganger waaromtrent niets bekend is. Deze kerk stond op de Oude Begraafplaats. Ze werd in 1513 door brand beschadigd en daarna weer opgebouwd. In 1486 werd de verenigde parochie Nuenen en Gerwen gesplitst. Beide parochies hadden reeds een kerk. In 1452 werd te Nuenen een klooster voor Augustinessen ingericht, dat vanwege wateroverlast na 1462 verplaatst werd naar de huidige locatie Soeterbeek, op een hoogte bij de Dommel. De kloosterlingen waren slotzusters. Ze beoefenden de linnenfabricage om in hun onderhoud te voorzien.
Aangezien het hertogdom Brabant steeds groter werd, werd het bestuur ervan gedecentraliseerd en in Nuenen viel het onder de kwartierschout van Peelland.
Vanaf 1472 viel de hertog van Gelre meermalen het gebied in, en vonden plunderingen plaats. In Nuenen en Gerwen vond daardoor een terugval plaats in welvaart, bevolking en aantal huizen. Zo richtten de Gelderse troepen in 1512 grote schade aan. Oorlogshandelingen zouden het gebied daarna nog vele eeuwen teisteren. De oorlogen met Gelre duurden tot 1543 en eisten hun tol, terwijl ook de kosten van de verdediging door de dorpen moesten worden opgebracht. In dat jaar plunderde Maarten van Rossum het klooster Soeterbeek, maar zijn troepen werden uiteindelijk verslagen door keizer Karel V.
In 1558 werd Nuenen een heerlijkheid. Dit wil zeggen dat de hertog zijn rechten, zoals jachtrecht, benoemingsrecht en dergelijke, verpandde voor bepaalde tijd, aangezien hij geld nodig had. De hertog was toen Philips II. De heer liet een kasteel bouwen te Opwetten. De Collse watermolen was sedert 1335 eigendom van de heren van Mierlo.
